Dalam rangka menyukseskan program Merdeka Belajar Kurikulum Merdeka, Di Tahun 2025 ini Prodi Perbankan Syariah telah memfasilitasi mahasiswa untuk mengikuti program pertukaran mahasiswa melalui akun Merpati yang telah disediakan oleh Kementerian Agama. Program ini dapat diikuti oleh berbagai mahasiswa dari Perguruan Tinggi Keagamaan Islam untuk dapat belajar dari Perguruan Tinggi lainnya sesuai mata kuliah peminatan yang dapat dikonversi menjadi Mata Kuliah yang ada di Perguruan Tingginya. Program ini juga sudah berjalan pada beberapa tahun sebelumnya. 
Prodi Perbankan Syariah UIN Sunan Kudus telah menyediakan Program Pertukaran Mahasiswa Pada Mata Kuliah Seminar Riset Perbankan Syariah dan Manajemen Keuangan Syariah. Sebagai Pengampu Mata Kuliah Seminar Riset Perbankan Syariah yaitu Kharis Fadlullah Hana, M.E menjelaskan bahwa telah menerima dan mengajar mahasiswa dari UIN Surakarta dan UIN Ponorogo sebanyak 8 Mahasiswa. Pada Mata kuliah Manajemen Keuangan Syariah sebanyak 11 Mahasiswa. Pembelajaran yang dilakukan melalui metode daring menggunakan google meet. Walaupun secara online, metode pembelajaran yang dilakukan dapat memberikan pemahaman yang baru di luar institusinya karena mereka mendapaptkan pengalaman belajar dari dosen yang berbeda dan Perguruan Tinggi yang berbeda.

Pada mata kuliah Manajemen Keuangan Syariah selaku Dosen Pengampun yaitu Ibnu Muttaqin, M.E menyatakan bahwa Program ini dapat memberikan pengalaman dan ilmu baru yang belum didapatkan oleh mahasiswa di Perguruan Tinggi asalnya. Selain itu juga, dosen dapat mengenal berbagai macam karakter mahasiswa dari berbagai perguruan tinggi.

Kegiatan ini dilaksanakan selama satu semester dengan minimal pertemuan sebanyak 12 kali pertemuan. Meskipun secara online, tidak mengurangi kualitas pembelajaran yang didapatkan. Karena di akun merpati mahasiswa telah di pantau kehadiarannya di akun dosen dan mahasiswa serta input nilai juga terintegrasi antara perguruan tinggi asal dan perguruan tinggi yang menjadi tujuan. 

Dengan adanya program ini diharapkan dapat dilanjutkan untuk memfasilitasi mahasiswa dapat mengakses pendidikan di luar perguruan tingginya sehingga mendapatkan suasana akademik yang berbeda dan model pembelajaran yang berbeda untuk meningkatkan kualitas dan prestasi mahasiswa di masa depan.